生物能源既不同于常规的矿物能源，又有别于其他新能源，兼有两者的特点和优势，是人类最主要的可再生能源之一。生物能源是指通过生物的活动，将生物质、水或其他无机物转化为沼气、h2等可燃气体或乙醇、油脂类可燃液体为载体的可再生能源。
洁净新能源有绿色能源之称，它的最大特点是燃烧或使用后不造成环境污染，有利于维持生态平衡。发展洁净新能源是未来能源业建设的发展方向。在此论文中着重介绍生物技术特别是微生物技术在开发洁净新能源方面的应用研究所取得的成果。
目前，生物燃料主要被用于替代化石燃油作为运输燃料，如替代汽油的燃料乙醇和替代石油基柴油的生物柴油。在化石燃料储量逐步下降、环境保护日益严峻的背景下，生物燃料受到各国政府的高度重视。
因此，人类走向以生物能源开发利用为标志的可再生能源时代，意义十分重大：能大量利用农村的土地，提高农民收入。直接增加能源供给，改善大气环境，使二氧化碳的排放与吸收形成良性循环，缓解二氧化碳排放的压力。当前生物能源的主要形式有沼气，生物制氢，生物柴油和燃料乙醇沼气是微生物发酵秸秆，禽畜粪便等有机物产生的混合气体，主要成分是可燃的ch4。生物氢可以通过微生物发酵得到，由于燃烧生成水，因此h2是最洁净的能源。生物柴油是利用生物酶将植物油或其他油脂分解后得到的液体燃料，作为柴油的替代品更加环保。

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